Die Entzündung kann durch verschiedene Bakterien (z.B. Escheria coli) ausgelöst werden. Diese Bakterien wandern meist von außen in die Harnröhre ein und „klettern" dann in Richtung Harnblase nach oben. Dabei kann es zu ganz verschiedenen Erkrankungen kommen, wie z.B. Harnröhrenentzündung, Harnblasenentzündung oder eben auch eine Prostataentzündung. Die Bakterien setzen sich in der Prostata fest und werden dort von Zellen der Immunabwehr erkannt. Diese Zellen schütten dann Stoffe aus, die eine Entzündung auslösen. Die Durchblutung der Prostata wird gesteigert, was zur Schwellung führt. Gleichzeitig werden Schmerzfasern sensibilisiert, was dann zu starker Schmerzentwicklung führt. In seltenen Fällen wird die Prostata auch durch Bakterien befallen, die von der anderen Seite, dem Samenleiter kommen. Dies kann jedoch nur geschehen wenn eine Verletzung der Hoden oder des Samenleiters besteht, wie bei einer Vasektomie (Sterilisation, Durchtrennen der Samenleiter).
Beim Gesunden werden Bakterien, die in die Harnröhre eingedrungen sind, mit dem Urin nach draußen gespült. Bestimmte Erkrankungen und Strukturveränderungen verhindern das. Eine gutartige Prostatavergrößerung beispielsweise behindert den Harnabfluss, der entstehende Druck ist geringer und es werden nicht alle Bakterien entfernt. Das gleiche geschieht bei einer Harnröhrenverengung. Die Bakterien steigen dann in der Harnröhre auf und verursachen meist eine Harnröhrenentzündung. Erreichen sie dann die Prostata, so kommt es zum Krankheitsbild der akuten Prostatitis.
Das Immunsystem ist normalerweise schon am Ausgang der Harnröhre an der Infektabwehr beteiligt. Kommt es nun zur Schwächung des Immunsystems, können Bakterien leichter eindringen. Dies ist der Fall bei feuchter und kalter Umgebung (z.B. nasse Badehose).
Die Hygiene spielt auch eine Rolle. Tägliches Waschen im Intimbereich wirkt prophylaktisch (vorsorgend).
