Genitalwarzen können in den meisten Fällen bereits anhand des typischen Erscheinungsbilds diagnostiziert werden.
Da die kleinen Knötchen im Anfangsstadium unter Umständen nicht oder nur schlecht zu sehen sind, können sie mit einer dreiprozentigen Essigsäure betupft werden. Durch diese Säure nehmen die Warzen eine weiße Farbe an.
Entsprechend dem Essigsäuretest bei Warzen der äußeren Geschlechtsorgane können Warzen in der Harnröhre durch eine Fluoreszenz-Urethroskopie (Harnröhrenspiegelung) markiert werden.