Da Genitalwarzen auch in Verbindung mit bösartigen Hauttumoren auftreten können, muss im Zweifelsfall eine Probe zur mikroskopischen Untersuchung entnommen werden.
Die Infektion mit anderen sexuell übertragbaren Erkrankungen muss ausgeschlossen werden, da sie die HPV-Infektion verstärken oder durch diese verdeckt werden können.